まず、神々がいる。
Ｉ・Ｏと呼ばれる帽子の少年はこの世界で神のごとき存在である[2-32]。彼は人類に認識できないものを見、世界を「現実の外」から変える力を持つ[3-105]。
もう１人の重要人物が、音那である。音那はＩ・Ｏに（まだ明かされていない理由で）忌み嫌われているが[1-9]、彼に近い能力をもち神と称される[3-166]。
（まだ劇中で描写されていないが）物語の開始より前、何らかの事件でＩ・Ｏは能力の制御に失敗し[2-97]音那への重大な不信を持つに至った。彼は「ショウ」という名を捨て[2-158]半年にわたり能力を忌避し[2-26]、その力を知る者とも距離を置いている[3-157]。

問題が起こる。世界は滅び始める[2-17]。
Ｉ・Ｏはそれでも良しとして[2-158]この危機に対策をとらず座して待とうとする[2-6]。
その一方で、音那はＥアンカー[1-60]（エクリチュール・アンカー[1-61]）という手段を用いる。それは今ある現実の中に新しい「物語」を創り改変する──世界の「設定」を書き換える行為で[1-30]、箇条書きの「物語」の「設定」として記述される[1-60]。
たとえば「設定4　主人公は正義を愛し平和を慈しむ選ばれた勇者」[1-61]であり「設定19　主人公は博士の命令でたった一人で世界を守らされる」[1-61]。この「主人公」により世界は破滅を逃れられるのかもしれない。
しかし、この試みは失敗した。音那はアンカーの力を制御しきれず[1-61]、必要なアンカーを打つ以上に誤ったアンカーを大量に打ってしまう。それらは他人の無関係な意識を取り込んだでたらめな内容だった[2-7]。

こうして長井が登場し、物語はここから始まる。
アンカーによって「主人公」と定義された[1-15]長井は、失敗したアンカーによって異常な姿と言動をする。博士と呼ばれる人物も同様である。
これら異常はＩ・Ｏや音那以外の人間には気付かれない[2-108]。例えば長井の姿は明らかに異質な形態をしている（これは「設定12　主人公のビジュアル」の図が杜撰だったためだ[1-69]）が、誰もが長井の姿を異常だとまったく認識できない[1-38]。それは「現実の外」からもたらされた変化であり、人々は現実の「内」だけしか認識できない[3-109]。こうして世界は誰も気付かないままに、狂った設定に書き換えられていく[2-63]。

会議とでも言うべきものがある。
Ｉ・Ｏの能力を認めている橋本・大村・横田ら[1-59]は、集って事態の収拾に努めようとする。
もっとも、彼らは権力や知識のある大物だが[2-139]ただの人間であり、アンカーが生む「物語」を異変として認識できない[2-108]。そこでＩ・Ｏに、客観的な調査をたのんでいる[1-58]。
彼らはアンカーの影響力が未知数であるがゆえに[1-91]、またＩ・Ｏが行動に消極的なために[1-64]、表立った行動に踏み切れずにいる。
あるいは音那の周囲には、より大人数の強固な集団が生まれている[2-67]。横田らも元はこの集団の一部であり、Ｉ・Ｏともども離反した形になっている[3-131]。その意図や経緯、そもそもの彼らの目的は謎のままである[3-156]。

物理法則は否定され続ける。
それは長井ひとりのレベルではもはやなく、「侵略宇宙人」が闊歩し（例えば劇中では麺が重力や硬度を無視する[2-50]）Ｉ・Ｏらさえ巻き込み[2-30]制御を失っている[1-61]。人々はありえないものを見、それをありえるものとして認識する（例えば「私立悪魔特捜隊本部高等学校」の存在を当たり前のことのように[3-10]）。 これらは長井らよりもっと根本的に、「世界」が情報を処理しきれなくなったという事かも知れない[3-158]。人類が増えすぎたことで、人間一人一人が与えあう影響の繋がりが爆発的に増加したため、それを結果として出力する「世界」にバグが生まれたのだろうか[3-159]。 今はまだ小さなスケールでしか起きていないそれが、いずれ拡大し蔓延した時に世界は終わる。一切の物理法則が否定された世界は、生命や知性が耐えられる環境ではないからだ[2-51]。
物理的にありえないアンカーは、その異常性ゆえにアンカー本体が示す以上の予想外の影響を及ぼし始める[2-20]。
音那も泥縄式に状況を修正しようとして新たなアンカーを打つが、それが他のアンカーを生み出しかえって事態を悪化させていく[1-71]。
Ｉ・Ｏもまた世界に干渉してしまう。長井の周辺で起こる事件を抑えようと対処療法的に打ったアンカーが、結果別の地点に悪影響を及ぼしてしまう[3-8]。

新たに、うるると名乗る少女が現われる。
うるるは元々は長井に近しい、しかし無害で無関係な女子高生だった[1-36]。だが、世界の変動によって博士の娘、青い髪をした少女へと変更されている[2-18]。
うるるは長井を「物語」の「主人公」だと直感的に理解しており[2-121]、長井を世界の救世主、スーパースターにしようと画策する[2-86]。
うるるの理解には限界がある。彼女はそれらを神託[3-54]だと誤解しているし、Ｉ・Ｏの能力も知らなければ[2-123]、アンカーの存在と影響力にも無知である[2-131]。しかし自分がＥアンカーにより創られる「物語」の登場人物だとは気付いており[2-153]、うるるは「物語」のストーリーを修正し長井を本物の英雄に仕立て、自分を偉大な存在に引き上げる野望を持っている[2-137]。

世界はでたらめに悪化するばかりで、まして（おそらくアンカーが打たれるまでただの常人だったであろう）長井らは自分達の存在を狂わされた被害者でしかない。音那の失策をＩ・Ｏは糾弾する。こうなる事は分かっていた、何もせず滅びにまかせる方がまだましだったと。[2-7]
もとより音那を憎んでいるＩ・Ｏは、音那の行動に最初から色眼鏡をかけながら、その暗躍には説明を求める[3-157]。音那はＩ・Ｏの行動に期待している[1-10]が同時に自分が頼むほど逆効果だと知り、一切をＩ・Ｏの自由意志に任せようとする[3-168]。行動理念が互いにすれ違う二人のやり取りは、感情的な口論ばかりを生む。
音那の意図は、古い世界を棄て新しい世界を創ることにあるのかも知れない[2-157]。それが何を指すのか、彼女が正しいのかはまだ明らかではない。